2000年萧万长与连战搭档竞选台湾地区领导人铩羽后任国民党副主席，并以个人身分参加民进党当局召集的“经发会”、“经续会”等。2005年3月，萧万长辞去国民党副主席一职。

    2007年06月23日，中国国民党08年台湾地区领导人参选人马英九正式对外宣布将与萧万长共同搭档参选08年台湾地区领导人。

　　据“中央社”报道，2008年03月19日萧万长在台南市扫街拜票，曾途经陈义雄(注：陈义雄被台湾警方指为319枪击案嫌犯，后离奇身亡)位于金华路住宅门前，陈义雄的太太还站出来挥舞旗帜表示支持，希望马萧当选后，能重新调查此案，萧万长在湾里万年殿接受媒体采访时说，有机会就重启调查。

　　他表示，四年前319枪击案，造成莫大的痛苦，全民应记取教训，“大选”投票只剩三天，选情紧张，民进党还有很多奥步(阴招)，层出不穷，大家要坚定冷静作出选择，支持二号马萧。

　　萧万长上午从金华路二段出发扫街游行，警方大规模动员戒备，游行车队多是警方派出的专车，包括搜证车、救护车，更有机动性高的机车队随行戒护，媒体采访时，器材全要登记。

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