陈水扁于2004年连任"总统"之后，延揽已于2001年连任台北县长的苏贞昌出任"总统府"秘书长；2005年1月30日党内直选党主席，在只有一个候选人的情况下，苏贞昌以99.71%的得票率，顺利当选第11届党主席，并于同年2月15日正式就任。原本他是行政院长的人选，但有人不愿意出选民进党主席，故唯有由他上阵，被视为他仕途的挫折。

同年12月3日因民进党于三合一选举大败而依党内惯例辞去党主席职务。陈水扁在2006年1月19日任命苏贞昌为"行政院长"，接替因提出预算覆议案不获陈水扁总统支持而负责请辞的谢长廷。

2007年5月12日辞职.

2007年5月7日民进党内2008年台湾地区领导人候选人，经过历时已久的一场恶斗之后，已于5月6日以谢长廷得票6万2千余张胜出（苏贞昌4.6万余张）告终。

2007年8月15日，民进党2008参选人谢长廷傍晚在桃园机场第二航厦举行的记者会上表示，苏明确向他表示“愿意回应社会期待、担任副手”。

在民进党内，苏贞昌与吕秀莲、谢长廷、游锡堃 并称“四大天王”，在党内拥有较高的声望，外界认为苏贞昌无论是在办事的魄力还是在个人的清廉度方面都优于谢长廷，如果绿营在3.22大选中落败，民进党内部的政治势力再次整合后，苏有望成为党内最为强大的政治势力。

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