1988年 《论人体科学》出版。《创建人体科学》、《人体科学与现代科技发展纵横观》和《论人体科学与现代科技》分别于1989年、1996年、1998年出版。
　　1989年 获国际技术与技术交流大会和国际理工研究所授予的“W．F．小罗克韦尔奖章”“世界级科学与工程名人”和“国际理工研究所名誉成员”称号。
　　1991年 获国务院、中央军委授予的“国家杰出贡献科学家”荣誉称号和中央军委授予的一级英雄模范奖章。《钱学森文集（1938～1956）》出版。
　　1994年 在中国工程院第一次院士大会上，被选聘为中国工程院院士。《论地理科学》出版。《城市学与山水城市》出版，
　　1996年《城市学与山水城市》（增订版）出版。1999年，作为上述两书的续集《山水城市与建筑科学》出版。《科学的艺术与艺术的科学》出版。
　　1995年 获何梁何利基金颁发的首届（1994年度）“何梁何利基金优秀奖”（后改称“何梁何利基金科学与技术成就奖”）
　　1996年 在交通大学百年校庆之际，由江泽民总书记题写馆名，第一次以中国科学家的名字命名的图书馆——钱学森图书馆，在他的母校西安交通大学隆重举行命名仪式。该图书馆坐落在西安交通大学的新世纪广场。
　　1998年 被聘为解放军总装备部科学技术委员会高级顾问。在中国科学院第九次院士大会和中国工程院第四次院士大会上，被授予“中国科学院资深院士”“中国工程院资深院士”称号。 1999年 获中共中央、国务院、中央军委颁发的“两弹一星功勋奖章”。
　　2000年 《钱学森手稿（1938～1955）》出版。 2001年 获霍英东奖金委员会颁发的第二届“霍英东杰出奖”（中国地区）。经国际小行星中心和国际小行星命名委员会审议批准，将中国科学院紫金山天文台发现的国际编号为3763号小行星，正式命名为“钱学森星”。《论宏观建筑与微观建筑》出版。《第六次产业革命通信集》出版。《创建系统学》出版。12月11日江泽民总书记看望钱学森，李岚清副总理一同看望。此前，1995年、1996年和1999年江泽民总书记曾先后三次到钱学森家中看望他。
　　2001年 记录钱学森光辉历程的“钱学森业绩馆”日前在其母校——西安交通大学开馆，并面向社会开放。馆中收藏展出的有钱学森１９２９年－１９３４年在交大机械工程系铁道专业学习时的水利工程学试卷、钱学森赠给母校的一批珍贵手稿、著作《钱学森手稿》、《论宏观建筑与微观建筑》、《创新系统学》以及介绍和反映他科学思想、科技成就及辉煌人生历程的论著及其他作品。
　　2008年2月，被评为“2007年感动中国年度人物”。
　　2009年9月14日，他被评为100位新中国成立以来感动中国人物之一。
　　2009年10月31日上午11时，在北京逝世。

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