第十集

　　“卢沟桥事变”爆发后，周口店遗址的发掘工作被迫中断，日军占领北平后，包括协和医学院在内的美国在华利益范围受到美国军队的保护。因此，尽管有关美国与日本交恶的传闻不断，洛克菲勒基金会仍然继续对新生代研究室提供研究资助。保存在花旗银行金库中的“北京人”化石，也开始陆续秘密送回新生代研究室，以便继续开展研究工作。
　　1941年10月，福格尔在《自然》杂志上发表的学术论文，引起了日本人的猜疑。世野井突然把章广生抓走，逼迫他在周口店发掘现场为日本人寻找化石。伊藤认为从福格尔的论文可以断定“北京人”化石已经回到了新生代研究所，他示意世野井释放章广生，焚烧发掘现场。章广生的失踪令王福明、魏道培、肖楠楠等人倍感忧心与困惑，这时，刘文杰从海外归来，突然在假面舞会上现身，给众人一个惊喜。

　　　　第十一集

　　刘文杰的归来引起了肖楠楠心底情感波澜的涌动，已经成为她的丈夫的王福明却觉得刘文杰的出现有些蹊跷，魏道培提醒王福明，为了化石的安全，注意刘文杰归来后的动向。
　　章广生被伊藤从周口店放回，福格尔怀疑他对日本人透露了化石存放在新生代研究所的消息。伊藤登门拜访福格尔，提出合作研究化石的想法，遭到了福格尔的拒绝。深夜，世野井带领一队全副武装的日本兵，以奉命搜查为由，企图进入协和医学院，美国海军陆战队赶来阻止，双方军队陷入僵持状态。伊藤的到来化解了一场冲突，他命令世野井撤退。
　　日本人针对化石采取的种种行动使福格尔认识到他发表论文的举动是错误的，他真诚地向章广生道歉，并告诉章广生他打算离开中国。
　　福格尔的新助手安妮姗姗来迟。安妮是福格尔教授的老朋友华伦斯坦教授的学生，安妮的父亲是肖云昌在德国的同事。一个月前，章广生和福格尔按照约定时间到车站去接她，结果没有接到。一个月后，安妮自己找到了新生代研究所。安妮是一个金发美女，对章广生很热情。

　　第十二集

　　一天早上，福格尔发现自己保管的保险柜的钥匙不见了，十分着急。他的新助手安妮告诉他，是他把钥匙忘在了办公桌上，她帮他收起来的。大家松了一口气，福格尔却命令所有的研究都停止，谁也不能再接触化石。
　　安妮对章广生说，她看到一篇文章，文章认为新生代研究室对“北京人”化石的年代鉴定不准确。章广生把文章拿给福格尔，并提出一个设想。他想用“北京人”上肢和下肢骨骼化石做一次X光成像，以此批驳对方的论点。福格尔同意了他的计划。
　　王福明得知章广生的计划，表示反对。他认为在危乱之际，不应该为了学术上的争论而不顾化石的安全。他提醒章广生，福格尔的那篇论文带来的麻烦，还远远没有结束。章广生听不进王福明的意见，他仍然坚持对化石进行X成像。

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