《科学学与科学技术管理》杂志2007年第1期刊登了中国管理科学研究院科学学研究所武书连、吕嘉、郭石林的《2007中国大学评价》。清华大学以296.77分的绝对优势名列第一名，北京大学、浙江大学分别以222.02分、205.65分获得第二、第三名。自1997年《科学学与科学技术管理》杂志按年度发表武书连主持的《中国大学评价》以来，清华大学已经连续11年位居榜首。清华大学、北京大学、浙江大学以稳定的优势，连续8年保持中国大学前三名。进入前10名的大学依次还有：第4名上海交通大学，第5名南京大学，第6名复旦大学，第7名华中科技大学，第8名武汉大学，第9名吉林大学，第10名西安交通大学。与上一年度的前10名相比，前四名不变，第7、8、9名不变。南京大学由第6名上升到第5名，复旦大学由第5名下降到第6名，西安交通大学进入前10名，中山大学没有进入前10名。

　　武书连指出，本年度清华大学得分上升近30分的原因是北京协和医学院的临床医学得分计入了清华大学。2006年中国协和医科大学更名为北京协和医学院，又名清华大学北京协和医学院，自2007年开始，以清华大学北京协和医学院的名义招收临床医学本科生和研究生。因此，《中国大学评价》课题组将北京协和医学院的临床医学部分计入清华大学。北京协和医学院的基础医学、预防医学、生物学等不以清华大学的名义招生，不计入清华大学得分。

　　他说，与合并相反，中国地质大学原在武汉和北京的两个校区经教育部行文，已经正式成为两个独立的办学实体。校名分别为：中国地质大学(武汉)、中国地质大学(北京)。因此，自2007年度起，对中国地质大学(武汉)、中国地质大学(北京)都单独评价。不过，原中国地质大学是211工程大学，分开后的两所大学是否都是211工程大学还未见正式公布，课题组暂均以211工程大学对待之。

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